コマンドの実行

コマンドは下記のように実行してください.

genomon_pipeline [Analysis type: dna,rna] sample_cfg.csv(.tsv) output_root_directory genomon_conf_file task_conf_file

# Analysis type         : DNA解析をする場合は、dna を、RNA解析をする場合は、rna を指定してください.
# sample_conf_file      : 解析するサンプルと入力ファイルを指定します.
# output_root_directory : 結果ファイルを出力するディレクトリを指定してください。指定したディレクトリをルートにoutputが生成されます.
# genomon_conf_file     : 使用するソフトウェアやデータベースファイルの指定をします.
# task_conf_file        : DNA解析用(dna_task_param.cfg)とRNA解析用(dna_task_param.cfg)のファイルが用意されています.
#                        コマンドオのパラメータは基本的に最適化されております.閾値の問題で候補が出力されない場合は、
#                        これらデフォルトのファイルをコピーして編集してください.

sample_conf_fileの記述方法は、Sample_confの書き方 を参照してください。

DNA解析実行例

genomon_pipeline dna DNA_sample.csv dna_outputdir genomon.cfg dna_task_param.cfg

# DNA_sample.csv     : 自分でつくる
# dna_outputdir      : 任意の出力場所を指定する
# genomon.cfg        : genomonが用意しているもので基本ok RNA解析と共通
# dna_task_param.cfg : prefixがdna_のほうを使う

RNA解析実行例

genomon_pipeline rna RNA_sample.csv rna_outputdir genomon.cfg rna_task_param.cfg

# RNA_sample.csv     : 自分でつくる
# rna_outputdir      : 任意の出力場所を指定する
# genomon.cfg        : genomonが用意しているもので基本ok DNA解析と共通
# rna_task_param.cfg : prefixがrna_のほうを使う