Outputについて

出力ディレクトリ階層

プロジェクトルートディレクトリ
  -bam
    -各サンプル名
      -サンプル名.markdup.bam
      -サンプル名.markdup.bam.bai
  -サンプル名.markdup.bam.md5
  -サンプル名.markdup.metrics
  -fastq
  -各サンプル名
    -1_1.fastq
    -1_2.fastq
  -log
    -qsubのログ
  -mutation
    -各サンプル名
      -サンプル名.genomon_mutations.result.txt
  -script
    -qsub実行script
  -summary
    -各サンプル名
      -サンプル名.xls
      -サンプル名.tsv
  -sv
    -各サンプル名
      -サンプル名.genomon_SV.result.txt

bamディレクトリ

sample名.markdup.bam:
 bamファイル
sample名.markdup.bam.bai:
 bam indexファイル
sample名.markdup.bam.md5:
 bamのmd5
sample名.markdup.metrics:
 mark duplicateした時に出力されるduplicateリードの情報
[fastq][bam_tofastq]から実行した場合は、上記4つのファイルが出力されます.
[bam_import]から実行した場合は、対象のbamファイルがこのディレクトリにlinkされます.

fastqディレクトリ

1_1.fastq 1_2.fastq:
 ペアエンドのfastqファイル.
[fastq]から実行した場合は、このディレクトリにfastqファイルがlinkされます.
[bam_tofastq]から実行した場合は、bamからconvertされたfastqファイルがこのディレクトリに出力されます.

logディレクトリ

qsubのログファイルが出力されます.

mutationディレクトリ

サンプル名.genomon_mutations.result.txt:
 変異Callの結果が出力されます.

scriptディレクトリ

qsubされたshell scriptです.
こちらのscriptの中身をみると、どのような処理が実行されたか一目瞭然です.

summaryディレクトリ

サンプル名.xls:bam summaryがEXCELファイルで出力されます.
サンプル名.tsv:サンプル名.xlsをテキスト形式で出力したものです.内容は同じです.

SVディレクトリ

サンプル名.genomon_SV.result.txt:
 SV検出の結果が出力されます.