Quick Start RNA解析

  1. Genomonのインストール
  2. コマンドの実行
  3. 結果ファイルを見てみましょう

1. Genomonのインストール

HGCスパコンには、Genomonで使用する解析ソフトウェア(STAR等)が既にインストールされています。ご自身のユーザディレクトリにGenomonをインストールするだけで、解析をはじめることができます.

Genomonインストール にインストール方法を記載しました.
DNA解析でインストールした場合は、再度インストールする必要はありません.GenomonはDNA解析とRNA解析の機能をもっています.

2. コマンドの実行

テストサンプルを実行してインストールが正しくされたか確かめましょう.テストサンプルは用意されていますので、それを使用して実行してみましょう.

# qloginする
$qlogin
# GenomonPipelineに移動
$cd GenomonPipeline-v{バージョン}
# 実行
$./genomon_pipeline rna /home/w3varann/testRNA/sample.csv {output_directory} genomon.cfg rna_task_param.cfg
# output_directoryには出力したいディレクトリを指定してください
sample.csvの記載方法詳細は Sample_confの書き方 にあります.
testRNA/sample.csvの中身をみて、書き方を学んでいただくのも良いかと思います.

commandの実行方法詳細は コマンドの実行 に記載があります.

実際のサンプルデータでも、sample.csvを記載して、上記のようにコマンドを実行すればOKです.

3. 結果ファイルを見てみましょう

結果ファイルはこのように出力されます.
fusion検出結果:{output_directory}/fusion/sample名/sample名_fusion_fusion.result.txt
我々が実行したサンプルデータの結果はこちらにありますので比べてみてください(v2.0.5で出力した結果)
fusion検出結果:~w3varann/test_rna/rna_result_v2.0.5/fusion/MCF-7_test/fusion_fusion.result.txt
結果ファイルの各項目の説明など詳細は RNA解析結果 に記述しました.