RNA 解析コマンドを実行する

コマンドの使用方法です.

# Genomonを実行する
genomon_pipeline {解析タイプ} {サンプル設定ファイル} {出力ルートディレクトリ} {パイプライン設定ファイル}
# 実行例
genomon_pipeline rna /home/genomon/sample_config_RNA.csv /home/genomon/output_test_RNA /home/genomon/rna_genomon.cfg
解析タイプ ’dna’,’rna’
DNA解析をする場合は,dna を,RNA解析をする場合は,rna を指定します.
サンプル設定ファイル ’sample_config.csv’
解析対象のファイル(FASTQ)のパスなどを記載したファイルを作成し,そのファイル名を指定します.
出力ルートディレクトリ ’output_root_directory’
出力ルートディレクトリを指定します.結果がこのディレクトリ以下に出力されます.
パイプライン設定ファイル ’genomon.cfg’
RNA解析用のパイプライン設定ファイルを指定します.