DNA 解析コマンドを実行する

コマンドの使用方法です.

# Genomonを実行する
genomon_pipeline {解析タイプ} {サンプル設定ファイル} {出力ルートディレクトリ} {パイプライン設定ファイル}
解析タイプ:

dna / rna

DNA解析をする場合は,dna を,RNA解析をする場合は,rna を指定します.
サンプル設定ファイル:

/path/to/sample_config.csv

解析対象のファイル(FASTQやBAM)のパスなどを記載したファイルです.ファイル名は任意です.
Genomonコマンドを実行するには,まずこのファイルを作成する必要があります.
作成方法は DNA サンプル設定ファイルについて を参照してください.
出力ルートディレクトリ:

/path/to/output_root_directory

Genomonの結果を出力するディレクトリです.
Genomonの結果はこのディレクトリ配下にすべて出力されます.
パイプライン設定ファイル:

/path/to/genomon.cfg

GenomonのDNA解析用のパイプライン設定ファイルです.ファイル名は任意です.
詳しくは DNA パイプライン設定ファイルについて を参照してください.