RNA 解析で出力されるファイルについて

出力ディレクトリ階層

_images/rna_tree.png

マッピング結果(BAMファイル)

{出力ルートディレクトリ}/star/{サンプル名}ディレクトリ内に出力されます.
  • {サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam – BAMファイル.
  • {サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai – BAM indexファイル.

Fusion検出結果

{出力ルートディレクトリ}/fusion/{サンプル名}ディレクトリ内に出力されます.
  • {サンプル名}_fusion_fusion.result.txt – 融合遺伝子検出結果ファイル.
  • {サンプル名}_star.fusion.result.txt – 中間ファイル.デバッグ用.

expression検出結果

{出力ルートディレクトリ}/expression/{サンプル名}ディレクトリ内に出力されます.
  • {サンプル名}.sym2fkpm.txt – 発現量解析結果
  • {サンプル名}.mapped_base_count.txt – 中間ファイル.デバッグ用.
  • {サンプル名}.ref2base.txt – 中間ファイル.デバッグ用.
  • {サンプル名}.sym2base.txt – 中間ファイル.デバッグ用.

Post_analysis結果

サンプル毎に出力される変異コールやSV検出結果をマージしたファイルを取得できます.

Fusion検出結果

  • merge_fusionfusion.txt
fastqのQuality Control結果

  • merge_starqc.txt

paplot結果

Fusion検出結果とfastqのQuality Control結果をビジュアライゼーションした結果です.
paplotディレクトリをダウンロードし,index.htmlをダブルクリックしてください.結果を確認できます.

paplotの使い方についてはこちら http://paplot-jp.readthedocs.org/ja/latest/

config log script

実行時のパラメータやツールの設定情報,log,使用したScriptが保存されます.