RNA 解析で出力されるファイルについて¶
出力ディレクトリ階層¶
マッピング結果(BAMファイル)¶
{出力ルートディレクトリ}/star/{サンプル名}ディレクトリ内に出力されます.
- {サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam – BAMファイル.
- {サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai – BAM indexファイル.
Fusion検出結果¶
{出力ルートディレクトリ}/fusion/{サンプル名}ディレクトリ内に出力されます.
- {サンプル名}_fusion_fusion.result.txt – 融合遺伝子検出結果ファイル.
- {サンプル名}_star.fusion.result.txt – 中間ファイル.デバッグ用.
expression検出結果¶
{出力ルートディレクトリ}/expression/{サンプル名}ディレクトリ内に出力されます.
- {サンプル名}.sym2fkpm.txt – 発現量解析結果
- {サンプル名}.mapped_base_count.txt – 中間ファイル.デバッグ用.
- {サンプル名}.ref2base.txt – 中間ファイル.デバッグ用.
- {サンプル名}.sym2base.txt – 中間ファイル.デバッグ用.
Post_analysis結果¶
サンプル毎に出力される変異コールやSV検出結果をマージしたファイルを取得できます.
Fusion検出結果
- merge_fusionfusion.txt
fastqのQuality Control結果
- merge_starqc.txt
paplot結果¶
Fusion検出結果とfastqのQuality Control結果をビジュアライゼーションした結果です.
paplotディレクトリをダウンロードし,index.htmlをダブルクリックしてください.結果を確認できます.
paplotの使い方についてはこちら http://paplot-jp.readthedocs.org/ja/latest/
config log script¶
実行時のパラメータやツールの設定情報,log,使用したScriptが保存されます.