RNA 解析パイプラインSchemes

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Inputの方法は [fastq], [bam_tofastq], [bam_import] の3種類あります.これらはサンプル設定ファイルで定義します.

解析は融合遺伝子検出, 発現量解析, Quality Control出力の3種類あり, [fusion], [expression], [qc] の項目をサンプル設定ファイルで定義すると実行されます.

[fusion], [expression], [qc]の各解析が完了した後,自動的にpost Analysis Taskが実行されます.実行したくない場合は,パイプライン設定ファイルを変更する必要があります.

サンプル設定ファイルの記載方法は RNA サンプル設定ファイルについて をご参照ください.
パイプライン設定ファイルを変更する場合は RNA パイプライン設定ファイルについて をご参照ください.

マッピング Task

  • task_star_align – Starによるリファレンスゲノムにアライメントを実行します.副生成物として、QCの結果を出力します.

融合遺伝子検出 Task

  • task_fusion_count – Count supporting read pairs for each chimera junction.
  • task_fusion_merge – Merge chimeric junction count file.
  • task_fusion_fusion – 融合遺伝子を検出します.

発現量解析 Task

  • task_genomon_expression – 発現量解析を行います.
発現量解析の概要については https://github.com/Genomon-Project/GenomonExpression を参照してください.

Post Analysis Task

  • paplot – 各結果をplotしグラフを出力します.
  • post_analysis_starqc – 全サンプルのfastqのQuality Control結果を1つのファイルにマージして出力します.
  • post_analysis_fusionfusion – 全サンプルの融合遺伝子を検出を1つのファイルにマージして出力します.

その他Task

  • link_input_fastq – 指定したFASTQを出力ルートディレクトリ内にリンクします.
  • link_import_bam – 指定したBAMを出力ルートディレクトリ内にリンクします.
  • bam2fastq – 指定したBAMをFASTQにConvertし出力ルートディレクトリ内に出力します.