RNA 解析で出力されるファイルについて

paplotディレクトリに出力されている index.html が Genomon パイプラインの最終成果物であり,Genomonが正常終了したかどうかの目安になります.

出力ディレクトリ階層

RNA解析結果
{出力ルートディレクトリ}
  └ fastq/                            :Fastqファイル
  └ star/                             :1) BAMファイル
      └{サンプル名}{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam
          └{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai

  └ fusion/                           :2) 融合遺伝子検出結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.Chimeric.count
      └control_panel/

  └expression/                        :3) 発現量解析結果
      └{サンプル名}/
          └{サンプル名}.sym2fkpm.txt

  └intron_retention/                  :Intron Retention検出結果
  └post_analysis/                     :4) 融合遺伝子検出結果とFastqのQC結果をマージした結果
  └paplot/                            :5) 解析結果をビジュアライゼーションしたレポート
      └{サンプル設定ファイル名}/
          └'index.html'
  └config/                            :6) Other
  └log/
  └script/

1. BAMファイル

{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam:
 BAMファイル.
{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai:
 BAM indexファイル.

2. Fusion検出結果

{サンプル名}_fusion_fusion.result.txt:
 融合遺伝子検出結果ファイル.

3. 発現量解析結果

{サンプル名}.sym2fkpm.txt:
 発現量解析結果

4. Post_analysis結果

サンプル毎に出力される変異コールやSV検出結果をマージします.

5. paplot結果

Fusion検出結果とfastqのQuality Control結果をビジュアライゼーションした結果です.
paplotディレクトリをダウンロードし,index.htmlをダブルクリックしてください.結果を確認できます.


paplotの使い方についてはこちら

6. config, log, script

実行時のパラメータやツールの設定情報,log,使用したScriptが保存されます.