RNA 解析で出力されるファイルについて¶
paplotディレクトリに出力されている index.html が Genomon パイプラインの最終成果物であり,Genomonが正常終了したかどうかの目安になります.
出力ディレクトリ階層¶
{出力ルートディレクトリ}
└ fastq/ :Fastqファイル
└ star/ :1) BAMファイル
└{サンプル名}
└{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam
└{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai
└ fusion/ :2) 融合遺伝子検出結果
└{サンプル名}/
└{サンプル名}.Chimeric.count
└control_panel/
└expression/ :3) 発現量解析結果
└{サンプル名}/
└{サンプル名}.sym2fkpm.txt
└intron_retention/ :Intron Retention検出結果
└post_analysis/ :4) 融合遺伝子検出結果とFastqのQC結果をマージした結果
└paplot/ :5) 解析結果をビジュアライゼーションしたレポート
└{サンプル設定ファイル名}/
└'index.html'
└config/ :6) Other
└log/
└script/
1. BAMファイル¶
{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam: | |
---|---|
BAMファイル. | |
{サンプル名}.Aligned.sortedByCoord.out.bam.bai: | |
BAM indexファイル. |
2. Fusion検出結果¶
{サンプル名}_fusion_fusion.result.txt: | |
---|---|
融合遺伝子検出結果ファイル. |
3. 発現量解析結果¶
{サンプル名}.sym2fkpm.txt: | |
---|---|
発現量解析結果 |
4. Post_analysis結果¶
サンプル毎に出力される変異コールやSV検出結果をマージします.
5. paplot結果¶
Fusion検出結果とfastqのQuality Control結果をビジュアライゼーションした結果です.
paplotディレクトリをダウンロードし,index.htmlをダブルクリックしてください.結果を確認できます.
paplotの使い方についてはこちら
6. config, log, script¶
実行時のパラメータやツールの設定情報,log,使用したScriptが保存されます.