はじめに

ヒトゲノム解析センタースーパーコンピュータ(HGCスパコン)にGenomonはすでにインストールされております.HGCスパコンアカウントをお持ちの方は,以下のコマンドを実行するだけで,DNA/RNA解析ができます.

GenomonはHGCスパコン以外のサーバで稼働実績があります.Genomonインストール方法については,Genomonインストール を参照してください.またご不明な点がございましたら,お気軽にお問い合わせいただければと思います.genomon.devel@gmail.com

# HGCスパコンでのGenomon使用方法
bash /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh {解析タイプ} {サンプル設定ファイル} {出力ルートディレクトリ} {パイプライン設定ファイル}

ご使用者にやっていただくことは,コマンドに必要な4つのパラメータを指定していただき,HGCにインストール済みのGenomonを実行するだけです.

1. 解析タイプ 'dna','rna'
DNA解析をする場合は,dna を,RNA解析をする場合は,rna を指定します.
2. サンプル設定ファイル 'sample_config.csv'
解析対象のファイル(FASTQやBAM)のパスなどを記載したファイルを作成し,そのファイル名を指定します.
3. 出力ルートディレクトリ 'output_root_directory'
出力ルートディレクトリを指定します.結果がこのディレクトリ以下に出力されます.
4. パイプライン設定ファイル 'genomon.cfg'
パイプライン設定ファイルを指定します.パイプライン設定ファイルはHGCスパコンに用意しております.
# DNA exome解析の実行例
bash /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh dna /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/test_data/test_dna/sample_config_DNA.csv {出力ルートディレクトリ} /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_conf/dna_exome_genomon.cfg

# DNA whole genome解析の実行例
bash /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh dna /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/test_data/test_dna/sample_config_DNA.csv {出力ルートディレクトリ} /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_conf/dna_wgs_genomon.cfg

# DNA target genome解析の実行例
bash /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh dna /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/test_data/test_dna/sample_config_DNA.csv {出力ルートディレクトリ} /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_conf/dna_target_genomon.cfg

# RNA解析の実行例
bash /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_script/genomon_pipeline_HGC.sh rna /home/w3varann/genomon_pipeline-2.30/test_data/test_rna/sample_config_RNA.csv {出力ルートディレクトリ} /home/w3varann/genomon_pipeline-2.5.3/genomon_conf/rna_genomon.cfg

* qloginをする必要があります.