RNA 解析パイプラインSchemes¶
GenomonパイプラインのDNA解析において,各工程の流れを解説します.
サンプル設定ファイルの記載方法は RNA サンプル設定ファイルについて を参照ください.パイプライン設定ファイルを変更する場合は RNA パイプライン設定ファイルについて を参照ください.
1. 入力とアライメント¶
Inputの方法は [fastq], [bam_tofastq], [bam_import] の3種類あります.これらはサンプル設定ファイルで定義します.
fastq: | fastqを扱いやすい大きさに分割してからアライメントを行います |
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bam_tofastq: | bamファイルを一旦fastqに変換し,アライメントします.Genomon以外でアライメントしたbamなどはこちらを使用してください |
bam_import: | アライメント済みのbamファイルが対象です.アライメントは行わず解析を行います |
task_star_align: | |
Starによるリファレンスゲノムにアライメントを実行します.副生成物として,QCの結果を出力します |
2. 融合遺伝子検出 (fusion)¶
[fusion] の項目をサンプル設定ファイルで定義すると実行されます.
task_fusion_count, task_fusion_merge, task_fusion_fusion: | |
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融合遺伝子を検出します. | |
post_analysis: | 全サンプルのfusionを1つのファイルにマージして出力します. |
paplot: | レポートを出力します. |
3. 発現量解析 (expression)¶
[expression] の項目をサンプル設定ファイルで定義すると実行されます.
- task_genomon_expression -- 発現量解析を行います.
発現量解析の概要については https://github.com/Genomon-Project/GenomonExpression を参照してください.
4. Quality Control (qc)¶
RNAではQCの値がStarの副生成物として作成されるため,DNAのような専用の工程はありません. [qc] の項目をサンプル設定ファイルで定義するとレポートとして出力されます.
post_analysis: | 全サンプルのfusionを1つのファイルにマージして出力します. |
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paplot: | レポートを出力します. |